楽しい旅行を終え、帰路に付くボンバーマン一行を乗せた旅客シャトル…。 そのシャトルに急接近する４つの光の球。シャトルは激しく揺れブラックホールに吸い込まれ やがて爆発してしまう。仲間達はバラバラに時間のはざまへと放り出され、 白ボン・黒ボンが目覚めるとそこは原始時代だった…。　 前回、ボンバーマンの前に敗れた去った「プロフェッサー・バグラー」が 電子電脳メカと化して復活。そのバグラーがボンバーマンを抹殺するためだけに造りだした ボンバーマン暗殺部隊。それが、「ボンバー四天王」だ。　 前回の「凶悪ボンバー５人衆」の欠点であった武器の強化を施し、 重装備で身を固め、思考回路には「バグラーチップ」が埋め込まれています。