私立陽香学園には学園祭・体育祭などの他にもう一つの「祭り」が存在する。
この祭りは「バスティフェイル」（略称：フェイル）と呼ばれ、学園祭・体育祭含め以上の三つを私立陽香学園の「三大祭り」と呼ぶ。

そんなバスティフェイルの開催当日、突如謎のピエロ団が現れ生徒たちを「ぬいぐるみ」に変えてしまう。
ピエ郎の出現により、校内の様子は一変してしまうが、そこへピエ郎を追うようにしてボンバーマンが登場！生徒たちに当たっても安全な「萌えボム」でピエ郎を倒すべく校内を駆け回り、生徒たちを助けていく！

ボンバーマンVSピエロ団、私立陽香学園で戦いの火蓋が落とされる！