ボンバー星雲の惑星ファンタリオンに異変が起き、 ボンバーベースにＳＯＳが発せられた。 ボンバーベースの司令官Ｄｒ．アインは調査探索の ためにマックスを惑星ファンタリオンに向かわせた。 ところが… マックスから「惑星の各地に奇妙な建物が創られている」 という連絡が入ったきり消息を絶ってしまった。 惑星ファンタリオンに何が起こっているのか…？ マックスの生死は…？ Ｄｒ．アインから原因究明とマックス救出の命令を受け、 ボンバーマンはボンバーシャトルを惑星ファンタリオン に向けて緊急発進した。
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