４つの神秘のクリスタルパワーによって
封印されていた伝説魔神の封印が
ムジョー率いるヒゲヒゲ団に解かれてしまった。
ヒゲヒゲ団は伝説魔神を使って宇宙征服を
企んでいる。

我らがボンバーマン達は
魔神が完全に復活する前に
クリスタルを取り戻さなければいけない。

しかし、クリスタルはヒゲヒゲ団の手によって
過去の秘密基地に隠されてしまった。
ボンバーマン達は、宇宙平和のため
タイムマシンに乗り過去へ飛び立った・・・。